Zanim John Graunt rozpoczął metodyczną analizę raportów dotyczących śmiertelności, mieszkańcy Londynu wielokrotnie stawiali czoła niewidzialnemu wrogowi. Pierwszy, wielki atak miał miejsce w roku XIV, a ostatni – trzy stulecia później. Zaraza ustąpiła niespodziewanie, jej prawdopodobną przyczynę zidentyfikowano w ostatniej dekadzie XIX wieku, kwestię dyskutowano przez kilka kolejnych dekad, a wątpliwości rozwiała dopiero archeologia molekularna.
Przyjmuje się, że „zaraza” dotarła na obrzeża średniowiecznej Europy za sprawą Mongołów. Cierpiały na nią mongolskie wojska oblegające genueńską Kaffę (genueńską kolonię handlową) w roku 1345; a wskutek wykorzystania dżumy jako broni biologicznej, wkrótce doświadczyli jej także i mieszkańcy miasta. W październiku 1347 roku genueńscy kupcy zaczęli uciekać z miasta, kierując się do sycylijskich portów. Z Sycylii „zaraza” zawleczona została do Genui i Wenecji, następnie obejmując całą Italię. W listopadzie 1347 roku została zawleczona z Włoch drogą morską do Marsylii; statek, którego załoga wykazywała nieznane objawy, został zmuszony do opuszczenia portu; załoga obrała kurs wzdłuż wybrzeża, tworząc kolejne ogniska choroby. W styczniu roku 1348 roku odnotowano ją w Carcassonne, w kwietniu w Tuluzie i Lyonie, a w czerwcu – w Bordeaux.
Pierwszy znany przypadek „czarnej śmierci” odnotowano w Anglii w czerwcu roku 1348, według zapisków pozostawionych przez franciszkanów, chorym był marynarz, który przypłynął z Gaskonii do portu w Melcombe (obecnie jest to dzielnica Weymouth). To właśnie mieszkańcy tego miasta jako doświadczyli choroby, następnie duże ognisko odnotowano w Bristolu, jesienią choroba dotarła do Londynu; od Melcombe stolicę dzieliło ponad 190 kilometrów. Początek zupełnie nowej fali miał miejsce na północy kraju, gdzie także zawleczona została drogą morską. W maju roku 1349 choroba dotarła do Yorku, siejąc latem spustoszenie na północy kraju. Jak zauważał norweski historyk Ole Benedictow, dżuma objęła całą Anglię w ciągu około 500 dni. Zimą roku 1349 choroba zaczęła już ustępować – w przeciwieństwie do Francji, gdzie ostatnie ogniska odnotowano w roku 1352. Dlaczego? Podróż szlakami morskimi przyśpieszała ekspansję choroby, a w przypadku rozległej Francji dotarcie do mniejszych skupisk ludzkich zajęło więcej czasu. Liczba angielskich ofiar pierwszej fali dżumy wciąż pozostaje kwestią sporną, jest szacowana na od 20 do 62 proc. populacji. Nie we wszystkich grupach społecznych żniwo śmierci było takie samo; zaraza najmniej dotykała elity, które mogły unikać „morowego powietrza” opuszczając miasta i praktykując względną izolację. Jak sugerują źródła, bardziej narażeni byli ludzie żyjący w trudniejszych warunkach materialnych: ubodzy, dzieci i służba.
„Zaraza” powracała wielokrotnie. Jej ostatni wielki atak miał miejsce w latach 1665-1666; w Londynie przyniosła ze sobą śmierć od 68 do 100 tysięcy osób; ok. 20 proc. mieszkańców stolicy. W tym samym czasie w Bristolu wskutek choroby zmarło mniej niż 1 proc. mieszkańców. Dlaczego? Dobrze znaną praktyką było opuszczanie ośrodków miejskich i izolacja, to jednak rozwiązanie praktykowane przez zamożniejszych; wprowadzano obowiązkową kwarantannę, zakazywano podróży i zgromadzeń – ale skuteczność tych środków była raczej wątpliwa, a przymusowe kwarantanny, sprowadzające się często do zamykania w murach domów, wywoływały duży opór społeczny. Władze Bristolu wykazały się w tym czasie ponadprzeciętną zapobiegliwością: w Forlorn Hope stworzono szpital zakaźny, który powierzono opiece chirurga, Johna Dunbarra. Rada miejska opłacała pokrywała koszty opieki, leków i wyżywienia, zadecydowała także o rozbudowie – obok istniejącego wcześniej budynku postawiono dodatkowe chaty, wskutek pośpiechy okryte płótnem żaglowym zamiast dachu… To historia niezwykła także i dlatego, że szczegóły odkrył Alex Beard, student historii badający rejestr wydatków miejskich z tej epoki. Dzięki wsparciu jego opiekuna naukowego udało się zidentyfikować także i samą lokalizację szpitala.
Jak jednak sytuacja wyglądała w Londynie? Pierwsze zgony odnotowano jeszcze w kwietniu; ich liczba zaczęła rosnąć, powołano więc specjalną komisję i wprowadzono rozwiązania sanitarne: ograniczenia dotyczące liczby mieszkańców w domach, w których stwierdzono przypadki infekcji, jak i nakaz uprzątnięcia posesji (przyjmowano w końcu miazmatyczną teorię chorób); następnie wprowadzono nakazaną przez prawo kwarantannę domową. Kiedy zamknięto pierwszy „morowy” dom, wybuchły zamieszki, tłum „uwolnił” chorego i jego domowników… Szybko wydano polecenie stworzenia izolatoriów, jednakże osoby, które miały tam trafiać, nie mogły liczyć na opiekę. W lipcu sytuacja była już tragiczna, rodzina królewska i arystokracja opuściły stolicę, w ich ślady poszła znaczna liczba kupców, lekarzy, a także i duchownych. Panika zdezorganizowała odpowiedź na zagrożenie, medycy i osoby oddelegowane do zajmowania się chorymi i grzebania ciał zmarłych musieli nosić specjalne oznaczenia, a nakazana przez prawo izolacja w domu niosła ze sobą ryzyko śmierci, także i wskutek głodu. Źródła choroby zaczęto w końcu upatrywać w psach i kotach, a więc… władze nakazała ich eksterminację. Epidemia zakończyła się całkowicie niespodziewanie – ówcześni widzieli w tym zarządzenie Opatrzności. Później wskazywano i na Wielki Pożar, który wybuchł 2 września 1666 r., niszcząc dwie trzecie miasta i poważnie uszczuplając populację szczurów.
Walka z zarazą przybrała zupełnie inną postać w odległej od Londynu wiosce Eyam. Do tamtejszego krawca trafił transport ubrań z Londynu: gdy krawiec i jego pomocnik (a następnie ich domownicy) zaczęli chorować, mieszkańcy szybko podnieśli alarm. Za sprawą lokalnych duchownych, Williama Mompessona i Thomasa Stanley’a, wprowadzono szereg rozwiązań mających przeciwdziałać zarazie – bądź też spowolnić jej postępy. Nakazano samoizolację, a kiedy to niemożliwe, zachowywanie dystansu wobec mieszkańców innych domostw, handel był realizowany w sposób wykluczający kontakt – dotyczyło to także wymiany z kupcami spoza wioski: towary i pieniądze pozostawiano w wyznaczonych miejscach, a monety poddawano „odkażaniu” za pomocą octu. W świetle zapisów parafialnych, zaraza trwać miała 14 miesięcy i pochłonęła życie 273 osób. Badaczom trudności nastręcza jednak określenie samej liczby mieszkańców, tu szacunki wahają się od 350 do 800 osób.
Pałeczkę dżumy zidentyfikował w roku 1894 Alexandre Yersin, członek ekspedycji naukowej badającej epidemię w Hongkongu. Cztery lata później Paul Louis Somond opisał mechanizm transmisji, wskazując na rolę szczurów. W wieku XX rozgorzała dyskusja dotycząca tego, czy za „czarną śmierć” faktycznie odpowiada dżuma? W końcu, relacje wskazywały na różne symptomy, przebieg i śmiertelność… Kontrowersja ta została rozwiązana dzięki archeologii molekularnej: badaniom poddano szczątki ofiar „czarnej śmierci”, wyniki wskazały na Y. pestis. Następnie analizie poddano poszczególne linie patogenu: za dżumę Justyniana odpowiadał wariant inny od tego, który w wieku XIV wywołał w Europie epidemii „czarnej śmierci”; z kolei bakterii, która jeszcze w XVII wieku zdziesiątkowała mieszkańców Londynu, zaskakująco blisko do współczesnego wariantu dżumy, wyizolowanego na Madagaskarze w roku 2013…
